Enligt de Limas anhängare är de fabricerade misstankarna regimens sätt att tysta kritiker.
De Lima har fördömt Dutertes krig mot knarkhandlarna, där uppskattningsvis 6 500 människor har dödats. De Lima har också krävt att internationella brottmålsdomstolen i Haag ska utreda presidentens handlande.
– Det är en ära att bli fängslad för de saker jag kämpar för, sade den 57-åriga De Lima.
Hon svor att fortsätta bekämpa Duterte, som hon kallade för en "sociopatisk seriemördare".
Amnesty och FN oroade
Bland annat Människorättsorganisationen Amnesty International har varnat för människorättssituationen i Filippinerna.
Amnesty sade på torsdagen att man betraktar De Lima som en samvetsfånge.
– Gripandet av De Lima är ett flagrant försök av den filippinska regeringen att tysta kritiken mot president Duterte och avleda uppmärksamheten från allvarliga människobrott i "kriget mot droger", sade Amnesty.
Även FN:s människorättschef uttryckte oro.
– Vi följer noggrant med läget, sade människorättskommissariens talesperson Ravina Shamdasani.
Duterte hävdade i augusti att De Lima lett en narkotikaring i landets största fängelse under sin tid som justitieminister i den förra regeringen.
– Jag måste förstöra henne offentligt, sade Duterte och inledde en kampanj för att smutskasta hennes rykte, bland annat genom att komma med ogrundade påståenden om hennes sexliv.
Utrikes
24.2.2017
Ledande presidentkritiker greps i Filippinerna
En av den filippinska presidenten Rodrigo Dutertes främsta kritiker greps på fredagen. Enligt anklagelserna skulle senatorn och tidigare justitieministern Leila de Lima vara inblandad i narkotikahandel, vilket hon har förnekat.