Faubert fick sitt genombrott i Bordeaux där han spelade 2004–2007. Därefter flyttade han till West Ham där det blev 69 matcher i Premier League.

Våren 2009 lånades Faubert ut till storklubben Real Madrid och gjorde två matcher i spanska ligan. Efter West Ham, som han lämnade 2012, har fransmannen spelat i turkiska Elazigspor, Bordeaux igen och senast för Kilmarnock i Skottland.

Faubert gjorde en A-landskamp för Frankrike 2006.