Forskare i bland annat USA och Finland har jämfört med ett annat vaccin, Focetria, som inte gett några biverkningar. Pandemrix innehåller mycket mer av ett virusprotein som liknar hormonet hypokretin som finns i hjärnan och vars viktigaste uppgift är att reglera sömn och vakenhet. En person som blivit vaccinerad kan bilda antikroppar med dubbelverkan. De kan dels bita sig fast på virusets proteiner som de ska, men de kan också angripa mottagare för hypokretin och orsaka narkolepsi. Forskarna har hittat dubbelverkande antikroppar hos tjugo finländska barn och ungdomar som blev vaccinerade med Pandemrix och sedan utvecklade narkolepsi. Alla hade en genetisk känslighet för att utveckla sjukdomen.