I Helsingfors bör största delen av verksamheten så som laboratoriet samt förvaltningen och ledningen placeras. Frågor som har att göra med utvärderingen av läkemedel och utvecklingen av läkemedelsförsörjningen kan i huvudsak placeras i Kuopio. Social- och hälsovårdsministeriet beslutade 2009 att Fimea ska flyttas till Kuopio före slutet av 2014. År 2012 förlängdes övergångsperioden till slutet av 2018. Tiden förlängdes för att ytterst få anställda vid Fimea var intresserade av att flytta till Kuopio. Beslutet att flytta verksamheten har också lett till att cirka 70 anställda har sagt upp sig. Arbetsgruppen slår fast att en av Fimeas huvuduppgifter är att fortsätta med sitt aktiva internationella arbete och att konkurrera om det europeiska läkemedelsverkets uppdrag. Social- och hälsovårdsministeriet har uppskattat att flytten till Kuopio skulle kosta cirka 4,6 miljoner euro under åren 2018–2019. Dessutom beräknas Fimeas inkomster minska med cirka tre miljoner euro. Arbetsgruppen anser att dessa tilläggsutgifter kan undvikas om man följer arbetsgruppens förslag.