Pelttari tog över Skypo 2011 då Ilkka Salmi övergick till att leda EU:s lägescentral. Tjänsten som Skypochef kan tillsättas för högst fem år. Tre andra personer sökte också tjänsten. Petri Knape och Olli Kolsteala stannade kvar på sina poster som biträdande Skypochefer, medan Samuli Laulamaa fortsätter som fängelsedirektör i Tavastehus. Pelttari var nyligen aktuell som ny generalsekreterare i riksdagen. Pelttari klassades som en stark kandidat, men riksdagen valde Maija-Leena Paavola.